プロジェクトの中で自分だけがIntelliJ IDEA使ってるとか、
オープンソースのプロジェクトでIDEが統一されていないとかいった場合でも。
自分用にはideaのプロジェクト用設定を管理したいなと思ったのですが。
一般的なやり方を見つけることが出来なかったので、やり方を考えてみました。

結論から言うと、
forkしたリポジトリに別ブランチを作って「.idea」を以下をpushすることにしました。

対象のプロジェクトをIntelliJ IDEAで開いて、必要な設定をした後、
以下のように、「.idea」以下をGit管理にして「dotidea」ブランチにpushします。

$ cd .idea/
$ git init
Initialized empty Git repository in ****/.idea/.git/

$ git remote add fork git@github.com:(自分のアカウント)/(リポジトリ名).git
$ echo "workspace.xml" > .gitignore
$ git add .
$ git commit -a -m "idea settings"
$ git push fork master:dotidea

復元するときは、以下のように「.idea」配下に「dotidea」をcloneします。

$ git clone git@github.com:(自分のアカウント)/(リポジトリ名).git -b dotidea .idea

このようにしておけば、
IntelliJ IDEAで設定を変更したら、commit&pushで保存。
間違えて変な設定にしてしまったら、checkoutで戻すという個人的な運用ができます。

Inspectionの除外とか、FileWatcherとかいろいろ設定するととても便利なのですが、
設定すればするほど、設定ファイルを管理しないと苦しくなってくるので。