Rではggplot2などを使うと綺麗なグラフが書けるので、
そのようなグラフを含んだレポートをHTMLやPDFで出力出来ると嬉しいです。

という背景から、このエントリでは、
RMarkdownで書かれたドキュメントを
knitrとgitbookを使って、HTMLやPDFを作成する流れを説明したいと思います。

プロジェクトの作成

まず、RStudioを起動して、プロジェクトを作成します。

メニュー右側のProject部分から「New Project」を選択します。

rmarkdownpdf01

New Projectから、
「New Directory」→「Empty Project」と選び、
「Create New Project」で、パス名を指定し「Create Project」します。

rmarkdownpdf02

RMarkdownファイルの作成

新規作成のアイコンから「RMarkdown...」を選び、
タイトルを適当に指定して、RMarkdownを作成します。

rmarkdownpdf03

とりあえずそのまま、「File」→「Save As...」から保存します。
ここでは、ファイル名を「sample.rmd」としておきます。

RMarkdownからMarkdownへの変換

Rのコンソールから、
以下のコマンドを入力して、Rmdからmdに変換します。

install.packages("knitr")
library(knitr)
knit(input = "sample.Rmd", output = "sample.md")

上記のコマンドで作成したsample.mdを
AtomのMarkdownプレビューで見ると以下のようなイメージになります。

rmarkdownpdf04

複数のrmdファイルを変換したい場合は、
以下のようなfor文で処理します。

library(knitr)
for(rmd in list.files(getwd(), pattern=".Rmd", recursive=T)) {
  fname = sub("\\.Rmd$", "", rmd)
  md = sub("\\.Rmd$", ".md", rmd)
  opts_chunk$set(base.url = "/", fig.path = paste("./figures/", fname, "-", sep=""))
  knit(input = rmd, output = md)
}

gitbookのセットアップ

ここからはRStudioから離れて、terminalで作業をします。

RStudioで作成したディレクトリに移動した後、
以下のコマンドを入力してgitbookをセットアップします。
※nodejsがセットアップされていることを前提としています

$ npm install --save-dev gitbook-cli

以下のコマンドで、gitbookの初期化をします。
README.mdとSUMMARY.mdが作成されます。

$ ./node_modules/.bin/gitbook init

以下のコマンドで、gitbookのサーバを起動します。

$ ./node_modules/.bin/gitbook serve

サーバが起動すると、以下のようなメッセージが表示されるので、
表示されているURLにブラウザで接続します。

Serving book on http://localhost:4000

rmarkdownpdf05

この状態では、先程作成したsample.mdがgitbookに含まれていないので、
SUMMARY.mdに「sample.md」を指定した行を追加します。

SUMMARY.md

# Summary

* [Introduction](README.md)
* [サンプル](sample.md)

SUMMARY.mdを保存すると、
以下のように「sample.md」がgitbookで閲覧出来るようになります。

rmarkdownpdf06

gitbookによるHTMLの生成

前項の手順でserveしていると、
「_book」配下に、既にhtmlが出来ていますが。
以下のコマンドを実行するとバッチ処理でgitbookのHTMLを生成出来ます。

$ ./node_modules/.bin/gitbook build

gitbookによるPDFの生成

PDFファイルを生成する為に、
以下のサイトを参照してcalibreをインストールします。
※linux環境であることが前提です。

Download for linux | Calire
http://calibre-ebook.com/download_linux

「Binary install」というところにコマンドが書いてあるので、それをコピー&ペーストして実行します。

日本語が含まれるレポートを作る場合は、
以下のコマンドで、IPAフォントをインストールします。
※以下のコマンドは、CentOS環境であることが前提です。

$ sudo yum install ipa-gothic-fonts ipa-mincho-fonts ipa-pgothic-fonts ipa-pmincho-fonts

ここまでの準備を行った上で、
以下のコマンドを実行するとPDF形式でレポートが生成することが出来ます。

$ node_modules/.bin/gitbook pdf ./ report.pdf

rmarkdownpdf07

まとめて実行する

ここまでの手順で生成した情報をまとめて再実行したい場合は、
以下のようなシェルを用意しておいて、実行すれば良いかと思います。

build.sh

#!/bin/sh
R --vanilla << EOT
library(knitr)
for(rmd in list.files(getwd(), pattern=".Rmd", recursive=T)) {
  fname = sub("\\\\.Rmd\$", "", rmd)
  md = sub("\\\\.Rmd\$", ".md", rmd)
  knitr::opts_chunk\$set(base.url = "/", fig.path = paste("./figures/", fname, "-", sep=""))
  knit(input = rmd, output = md)
}
EOT
node_modules/.bin/gitbook build
node_modules/.bin/gitbook pdf ./ report.pdf

以上の流れで、RMarkdownをレポートとして出力出来て便利だと思います。
RGitbookというパッケージもあるようですが。

参考: Rで本を書く | Qiita
http://qiita.com/uri/items/9e5202e9851b48397450